Visi Mewujudkan lembaga pascasarjana yang unggul sesuai ahlussunnah waljama’ah dengan penguatan keislaman khas pesantren dan menjadi rujukan dalam ilmu keislaman di pendidikan tinggi.

Merujuk pada visi di atas, misi Pascasarjana Institut Pesantren Babakan (IPEBA) Cirebon adalah:

• Mengembangkan program pendidikan dalam ilmu keislaman sesuai karakter pesantren dan ahlussunnah waljama’ah.
• Mengembangkan riset integrasi keilmuan Islam dengan keilmuan lainnya pada jenjang magister yang memiliki keunggulan pada studi keislaman khas pesantren.
• Menyelenggarakan penelitian dasar ataupun terapan yang berorientasi kepada kepentingan akademik, masyarakat, dan dunia kerja.
• Menjalin dan meningkatkan Kerjasama dengan berbagai institusi di dalam dan luar negeri.